Science

2009.08.07

オープンソースの3D DNA折り紙

Text by kanai

DNAnature.png
信じられないくらいクール。

DNA折り紙とは
DNA折り紙は、DNAオブジェクトを構築するためのパワフルな手法です。これは、長い一本鎖のDNAの幹(通常は7000塩基程度の長さ)に、数百本の短い一本鎖のDNAオリゴヌクレオチド(20~50塩基程度)を強制的に、自由な形に貼り付けるというものです。この手法は、Caltechの研究員、Paul Rothemundによって開発され、2006年3月16日、ネイチャーのFolding DNA to create nanoscale shapes and patterns(DNAを折ってナノスケールの形状や模様を作る)という記事で紹介されています。
DNA折り紙構造の作り方は、まだあまり一般的ではありませんが、熱変性のあとゆっくり冷ますという方法がとられています。詳しい作り方は、さまざまな刊行物で紹介されています。
caDNAnoはDNA折り紙のデザイン用に作られました
caDNAnoは、DNA 折り紙ナノ構造をデザインするためにAdobe AIRプラットフォームをベースに製作されたオープンソースソフトウェアです。DNA折り紙のデザインを、素早く直感的にできるように開発されました。使い方は、ここで習得できます。プログラムはここでダウンロードできます。デザインのサンプルソースコードもあります。
このソフトウェアは、いくつかの素晴らしいオープンソースライブラリやリソースの助けを借りています。特に、3DレンダリングにはPapervision3Dを、AS3データ構造とチュートリアルにはMichael Baczynski提供のものを、アイコンにはTango Desktop Projectを、そしてこのウェブサイトには、BlueprintCSSフレームワークを使っています。

caDNAno@timoreillyより(英語)]
– Gareth Branwyn
原文